Ekerö kommune strækker sig over fire store og omkring 130 mindre øer og skær i den østlige del af Mälaren, lige uden for Sto­ck­holms bygrænse. Hovedøen Ekerön, med kommunens hovedby af samme navn, er forbundet med broer til de to andre store øer Färingsö og Lovön, hvoraf sidst­nævn­te har en bro­for­bin­del­se til Stockholm-bydelen Bromma. I alt 11 na­tur­re­ser­va­ter er spredt ud over kommunen, og land­ska­bet er præget af lave bakker, nogle gange med klip­pe­grund. Det højeste punkt er Uppsala Åsen i den nor­døst­li­ge del af øen Ekerön. Kommunen har fået tilnavnet »kul­tu­rer­nes øverden«, da den er hjemsted for talrige kul­tur­min­der fra alle perioder af den svenske historie.